Imaginez un magnifique jardin, verdoyant et florissant. Vous en prenez soin, vous l’arrosez, il bénéficie du soleil… Une grande diversité de plantes et de fleurs y pousse. Il est riche, résistant, équilibré.
Maintenant, imaginez que vous l’abandonnez : plus d’eau, plus de soleil. Certaines plantes disparaissent, les mauvaises herbes prennent le dessus, le jardin s’appauvrit.
Ce jardin, c’est votre microbiote intestinal.
Ballonnements, troubles du transit, fatigue persistante, stress qui « se ressent dans le ventre »… Et si tout cela avait un point commun ?
Sans le savoir, nous hébergeons plusieurs kilos de micro-organismes qui influencent bien plus que la digestion : immunité, énergie, humeur, gestion du stress… Le microbiote intestinal joue un rôle central dans notre santé globale.
Pourquoi s’intéresser au microbiote intestinal ?
Longtemps, les intestins ont été réduits à un simple rôle digestif. Depuis quelques décennies, la recherche met en lumière leur implication dans de nombreux enjeux de santé modernes : fatigue chronique, stress, inflammations, troubles métaboliques, immunité affaiblie…
Le microbiote intestinal est aujourd’hui considéré comme un véritable levier de prévention et de bien-être.
Qu’est-ce que le microbiote intestinal ?
Le microbiote correspond à l’ensemble des micro-organismes (bactéries, virus, champignons) qui vivent en harmonie avec leur hôte… c’est-à-dire nous.
Il n’existe pas un seul microbiote, mais plusieurs :
- microbiote intestinal
- microbiote buccal
- microbiote cutané
- microbiote ORL et pulmonaire
- microbiote vaginal…
Nous sommes donc de véritables écosystèmes ambulants.
Le microbiote intestinal est le plus étudié. Des bactéries sont présentes tout au long du tube digestif, mais c’est dans le côlon (gros intestin) qu’elles sont les plus nombreuses et les plus diversifiées : environ 100 000 milliards de bactéries.
Chaque individu possède un microbiote unique, comme une empreinte digitale.
Le microbiote, bien plus qu’un rôle digestif
On parle souvent de l’intestin comme du « deuxième cerveau ». Et ce n’est pas un hasard.
1. Digestion et énergie
Le microbiote participe à la digestion, à l’assimilation des nutriments et à la production énergétique.
2. Immunité : une barrière protectrice essentielle
Environ 70 % de notre système immunitaire se situe dans l’intestin.
Un microbiote équilibré :
- empêche la prolifération d’agents pathogènes
- soutient l’intégrité de la muqueuse intestinale
- limite la porosité intestinale et le passage de toxines dans l’organisme
3. L’axe intestin–cerveau
Le microbiote influence directement notre système nerveux via l’axe intestin–cerveau, notamment grâce au nerf vague, qui relie le cerveau aux intestins.
La communication se fait dans les deux sens :
- stress → troubles digestifs
- microbiote déséquilibré → fatigue, anxiété, troubles du sommeil
À noter : 90 % de la sérotonine, neurotransmetteur clé de l’humeur et du sommeil (sérotonine : précurseur de la mélatonine) est produite dans l’intestin.
Comment se forme le microbiote intestinal ?
La colonisation débute dès la naissance :
- lors de l’accouchement vaginal, le bébé est exposé au microbiote vaginal et anal de la mère
- l’allaitement favorise le développement du microbiote grâce au contact cutané et aux composants du lait maternel
Les premières années de vie sont déterminantes. Certains facteurs influencent la richesse et la diversité du microbiote :
- naissance par césarienne
- prise d’antibiotiques précoces
- environnement très aseptisé
- vie en milieu urbain
- présence ou non d’animal domestique
Bonne nouvelle : rien n’est figé. À tout âge, il est possible d’agir positivement sur son microbiote.
Qu’est-ce que la dysbiose intestinale ?
On parle de dysbiose lorsque l’équilibre du microbiote est rompu : diminution des bonnes bactéries, prolifération de bactéries indésirables.
Les causes principales
- alimentation riche en sucres raffinés, produits ultra-transformés
- alcool, mauvaises graisses
- antibiotiques et certains médicaments
- stress chronique
- pollution, pesticides, perturbateurs endocriniens
Les conséquences possibles
- troubles digestifs (ballonnements, constipation, diarrhée, SII…)
- troubles inflammatoires (ORL, cutanés, SOPK…)
- douleurs ostéo-articulaires
- troubles métaboliques (surpoids, glycémie, cholestérol)
- troubles allergiques
- troubles de l’humeur, anxiété, dépression
La dysbiose est aujourd’hui reconnue comme un facteur clé de nombreuses pathologies modernes.
Comment nourrir et soutenir son microbiote au quotidien ?
La bonne nouvelle, c’est que l’hygiène de vie est un outil puissant.
1. Une alimentation riche en fibres (prébiotiques)
Les prébiotiques nourrissent les bonnes bactéries :
- ail, oignon
- poireau
- artichaut
- légumineuses…
2. Les probiotiques naturels
Les probiotiques sont des micro-organismes vivants présents dans les aliments fermentés :
- miso
- tempeh
- natto
- kombucha…
3. Les oméga-3
À l’action anti-inflammatoire :
- petits poissons gras
- graines de lin, chia, chanvre
- huiles de lin, cameline
4. Les antioxydants
- fruits rouges
- épices
- cacao
- thé vert…
5. Activité physique et gestion du stress
- mouvement quotidien
- respiration, cohérence cardiaque
- yoga, marche
Et demain ? Les perspectives autour du microbiote
La recherche avance rapidement :
- transplantation de matière fécale (TMF)
- probiotiques personnalisés
- études sur le lien microbiote, diabète, obésité, maladies neurodégénératives
Mais aujourd’hui, le levier le plus simple reste notre mode de vie.
En conclusion
Même si les premières années de votre vie n’ont pas favorisé un microbiote optimal, vous avez le pouvoir d’améliorer sa santé.
L’idée n’est pas de tout changer d’un coup, mais d’avancer pas à pas :
- plus de végétaux dans l’assiette
- tester un aliment fermenté
- intégrer une routine de gestion du stress
- bouger un peu plus chaque jour
Prendre soin de son microbiote aujourd’hui, c’est investir dans sa santé et sa qualité de vie de demain.
Karine Seigneurie, naturopathe
FAQ – Tout savoir sur le microbiote intestinal
Qu’est-ce qu’un microbiote intestinal en bonne santé ?
Un microbiote intestinal en bonne santé est riche, diversifié et équilibré. Il contient une grande variété de bactéries bénéfiques capables de cohabiter harmonieusement. Cette diversité est un facteur clé de résilience : plus le microbiote est varié, plus il est capable de s’adapter aux agressions extérieures (stress, infections, alimentation ponctuellement déséquilibrée).
Quels sont les signes d’un microbiote déséquilibré ?
Un déséquilibre du microbiote (dysbiose) peut se manifester par :
- des troubles digestifs récurrents (ballonnements, constipation, diarrhée)
- une fatigue persistante
- une baisse de l’immunité
- des troubles de l’humeur ou du sommeil
- des inflammations chroniques
Ces signes sont des messages du corps indiquant qu’il est temps de prendre soin de son terrain intestinal.
Peut-on réparer son microbiote intestinal ?
Oui. Le microbiote est vivant et dynamique. À tout âge, il est possible de l’améliorer grâce à des ajustements progressifs de l’hygiène de vie : alimentation riche en fibres, gestion du stress, activité physique régulière, sommeil réparateur.
Combien de temps faut-il pour améliorer son microbiote ?
Les premières améliorations peuvent être ressenties en quelques semaines, mais un travail de fond nécessite souvent plusieurs mois. La clé est la régularité plutôt que la perfection.
Probiotiques ou aliments fermentés : que choisir ?
Les aliments fermentés sont une excellente base pour entretenir son microbiote au quotidien. Les probiotiques sous forme de compléments peuvent être utiles dans certains contextes, mais idéalement choisis de manière personnalisée, en fonction du terrain et des symptômes.
Microbiote intestinal et approche naturopathique
En naturopathie, le microbiote intestinal occupe une place centrale. Il est au cœur du concept de terrain, cette base sur laquelle s’exprime la santé ou la maladie.
L’objectif n’est pas de supprimer un symptôme isolé, mais de restaurer un équilibre global, en agissant sur les causes profondes : alimentation, stress, sommeil, environnement, rythme de vie.
Chaque accompagnement est individualisé, car chaque microbiote est unique.
Par où commencer concrètement ?
Voici une approche simple et progressive :
1. Dans l’assiette
- augmenter la part de végétaux
- introduire progressivement des aliments fermentés
- réduire les produits ultra-transformés
2. Dans la gestion du stress
- pratiquer la cohérence cardiaque
- intégrer des temps de pause
- respirer consciemment
3. Dans le mouvement
- marcher davantage
- prendre les escaliers
- bouger quotidiennement, sans forcément « faire du sport »
4. Dans le sommeil
- instaurer une routine
- respecter son rythme
- créer un environnement propice au repos
Choisir un petit objectif réaliste par catégorie est souvent plus efficace qu’un changement radical.
En résumé : le microbiote, un investissement santé durable
Prendre soin de son microbiote intestinal, ce n’est pas suivre une mode. C’est poser les bases d’une santé durable, aujourd’hui et pour demain.
Chaque action compte. Chaque ajustement, aussi petit soit-il, nourrit ce jardin intérieur qui influence profondément notre vitalité, notre équilibre émotionnel et notre qualité de vie.
Cet article a été rédigé par Karine Seigneurie, naturopathe, dans une approche préventive et globale de la santé.
Karine Seigneurie 